船舶吨税采用优惠税率和普通税率两种，优惠税率适用于中华人民共和国籍的应税船舶，以及船籍国（地区）与中华人民共和国签订含有相互给予船舶税费最惠国待遇条款的条约或者协定的应税船舶，其他应税船舶则适用普通税率，具体税额标准根据船舶的净吨位以及吨税执照期限来划分，如下：
不超过2000净吨普通税率：
1年期12.6元/净吨
90日4.2元/净吨
30日2.1元/净吨
优惠税率：
1年期9.0元/净吨
90日3.0元/净吨
30日1.5元/净吨
超过2000净吨，但不超过10000净吨普通税率：
1年期24.0元/净吨
90日8.0元/净吨
30日4.0元/净吨
优惠税率：
1年期17.4元/净吨
90日5.8元/净吨
30日2.9元/净吨
超过10000净吨，但不超过50000净吨
普通税率：
1年期27.6元/净吨
90日9.2元/净吨
30日4.6元/净吨
优惠税率：
1年期19.8元/净吨
90日6.6元/净吨
30日3.3元/净吨
超过50000净吨普通税率：
1年期31.8元/净吨
90日10.6元/净吨
30日5.3元/净吨
优惠税率：
1年期22.8元/净吨
90日7.6元/净吨
30日3.8元/净吨
